De acuerdo con el artículo 12 del Reglamento de la Defensoría de los Derechos Universitarios, la DDU no es competente para conocer conflictos que se deriven de alguno de los supuestos siguientes:

• I. Posibles afectaciones de derechos de naturaleza laboral, sean de carácter individual o colectivo;
• II. Evaluaciones académicas de cualquier naturaleza, tanto para el alumnado como para el personal académico y certificaciones de procesos administrativos;
• III. Procesos electorales para la integración de los órganos personales y colegiados universitarios;
• IV. Resoluciones emanadas del H. Consejo General Universitario;
• V. Asuntos dictaminados por auditorías, comisiones, consejos o comités previstos en la normatividad universitaria; y
• VI. En general, de asuntos que puedan ser impugnados por otras vías o instancias establecidas en la normatividad universitaria.
• Cualquier otro acto ante autoridades externas, en los que la persona integrante de la comunidad universitaria sea parte.