En marzo de 1984 el personal académico de la entonces Área Interdisciplinaria de Ciencias del Mar (AICM) formuló la primera propuesta de desarrollo en la cual, se hacía explícita la necesidad de instrumentar programas de posgrado como parte del plan de desarrollo institucional de la Universidad Autónoma de Baja California Sur (UABCS) (Asamblea General de Maestros del AICM, 1984). En el documento derivado de esta asamblea se señalaban las propuestas de instrumentar posgrados en Manejo de las Zonas Costeras, Acuacultura y Biología Marina, entre otros.

No fue hasta 1993, cuando después de la realización de varios talleres entre académicos y especialistas de distintas instituciones de educación superior de la región (Universidad de Sonora, Universidad Autónoma de Sinaloa, Centro de Estudios Superiores del Estado de Sonora y la UABCS), se inició la Maestría en Acuacultura (Programa Regional de Posgrado en Acuacultura: Maestría en Ciencias en Acuacultura, UABCS, 1993).

Mas tarde, en 1998, se inició el posgrado en Manejo Sustentable de Zonas Costeras (UABCS-AICM, 1996) cuyos trabajos de diseño curricular se habían iniciado en 1992 (PIDE-UABCS, 1990-1993). En febrero de 2006 la experiencia acumulada a través del desarrollo de estos programas y con la base de cuerpos académicos más maduros, se logró elaborar la propuesta del Posgrado en Ciencias Marinas y Costeras, más global e integradora, acorde con las necesidades de desarrollo social e institucional. Esto nos condujo a un mejor aprovechamiento de la infraestructura académica y de los recursos humanos disponibles.

Este plan de estudios 2013 es una actualización del programa propuesto en el 2006, las principales modificaciones son la eliminación del nivel de Especialidad, la modificación en número y enfoque, de las Líneas de Investigación y la eliminación y agregación de algunos cursos. Además, cuenta con el marco del nuevo Reglamento General de Posgrado de la UABCS.