Las dos líneas de investigación y áreas terminales que se plantean dentro del posgrado son:

1. Agricultura Sustentable en Zonas Áridas (ASZA)
2. Innovación y Desarrollo de Productos y Procesos (IDEPP)

La primera línea correspondiente a la Agricultura Sustentable en Zonas Áridas, se retoma que las actividades agrícolas y pecuarias a partir del arribo de la Revolución verde, sufrieron cambios en el patrón de sistemas de producción del sector agropecuario. La modernidad de la revolución verde cambió el paradigma de cultivos y una nueva generación de productores agropecuarios perdió contacto con las experiencias aprendidas durante cientos de años. Sin embargo, en la actualidad (pleno siglo XXI), el sector agrícola y pecuario a nivel internacional, obliga a retomar varias prácticas sustentables para el bienestar de las futuras generaciones. A nivel mundial, la diversificación de los cultivos es un objetivo de la planeación, ya que existe la necesidad de intensificar los esfuerzos para incrementar el uso racional de los recursos naturales renovables a través de programas integrales. En este sentido, algunas áreas, cuentan con una variedad de especies de plantas, de las cuáles unas se desarrollan en desiertos y sistemas costeros. Plantas que en el proceso de evolución para sobrevivir a un ambiente árido-salino, han desarrollado propiedades únicas, muchas de las cuales son de interés económico importante y pueden ser aprovechadas en el corto plazo en la agroindustria (Murillo et al., 2006; Rueda et al., 2009)

La LGAC, en Agricultura Sustentable de Zonas áridas es un área terminal del posgrado que aborda disciplinas del conocimiento agropecuario proporcionando a los estudiantes de maestría, las herramientas necesarias para que a su egreso sean capaces de aportar soluciones en la problemática agropecuaria, que se presentan en las zonas áridas y semiáridas, tanto en la investigación como en el desarrollo de la misma.