De acuerdo al artículo 15 de la Ley Orgánica de la Universidad Autónoma de Baja California Sur, publicada el 13 de junio de 2014 en el Boletín Oficial del Gobierno del Estado de Baja California Sur, el H. Consejo General Universitario es el máximo órgano colegiado de gobierno y normativo de la Universidad y estará integrado de la forma siguiente:

• I. Realizar el proceso de evaluación de expedientes y la auscultación a la comunidad universitaria sobre los aspirantes para la designación de titular de Rectoría previo a la integración de la terna cuando el registro de aspirantes sea mayor de tres.
• II. Conocer y resolver en definitiva cuando la persona titular de Rectoría vete los acuerdos del H. Consejo General Universitario;
• III. Conocer y resolver en definitiva de conflictos entre órganos de gobierno de la Universidad, a solicitud del H. Consejo General Universitario;
• IV. Proponer su propio reglamento para su análisis y, en su caso, aprobación ante el H. Consejo General Universitario.